Dieci anni prima degli eventi narrati nella saga di Fate/Stay Night, la città di Fuyuki è sconvolta dalla Quarta Guerra del Santo Graal, uno scontro in cui sette maghi combattono, evocando altrettanti Spiriti Eroici, per ottenere il potere della Sacra Coppa...
Per i due re Iskandar e Gilgamesh è giunta l'ora di un nuovo duello. Nel frattempo Kirei Kotomine prende coscienza della sua vera natura, proprio mentre il destino lo conduce inesorabilmente allo scontro con la sua nemesi, Kiritsugu Emiya. La conclusione della guerra per la conquista del Graal è ormai imminente...