Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari… Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!
Indagando su Ai Haibara, Masumi Sera entra in contrasto con Subaru Okiya, mentre nel frattempo Conan si avvicina alla vera natura di Mary, la cosiddetta "sorella minore proveniente dall'estero". Shukichi Haneda s'imbatterà invece in un caso di omicidio durante il raduno del gruppo dei giocatori di shogi, una situazione che vedrà un susseguirsi di cambiamenti fino all'entrata in scena di Shuichi Akai...