A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio...
Trascorso più di un anno dalla furiosa battaglia avvenuta nel settore Thunderbolt, Io Flemming e Daryl Lorenz si ritrovano faccia a faccia. Il primo, come membro dell'Operazione Thunderbolt, che ha l'obiettivo di reprimere l'Alleanza dei Mari del Sud, pilota il nuovo modello di mobile suit Atlas Gundam. Il secondo, entrato a far parte dell'Alleanza tradendo il Principato di Zeon, si trova a bordo dello Psycho Zaku. Il duello tra i due rivali si riaccende, coinvolgendo il destino di tutte le persone che li circondano!