Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che, con un gruppo di amici, cerca di tirare avanti senza rinnegare i principi del vero samurai!
A causa del tradimento da parte degli Harusame, il Kiheitai e la settima divisione si cacciano nei guai, mentre Takasugi e Kamui risultano dispersi. Dal canto suo, Utsuro cerca di impadronirsi anche del potere dei pirati spaziali. Gli ex allievi del maestro divenuto ormai l'essere più pericoloso dell'universo cominciano a radunarsi per affrontarlo, oltre che per recuperare un vecchio compagno...