Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che, con un gruppo di amici, cerca di tirare avanti senza rinnegare i principi del vero samurai!
Allo scopo di fermare la guerra su scala planetaria scatenata da Utsuro, Nobunobu Tokugawa affronta le trattative con l'Esercito di Liberazione: la spunterà? Nel frattempo l'armata degli immortali capitanata da Utsuro invade le vie di Edo e la situazione precipita paurosamente... Finché qualcuno riapparirà in maniera inaspettata!