Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che, con un gruppo di amici, cerca di tirare avanti senza rinnegare i principi del vero samurai!
L'Amenotorifune ha perso il controllo e continua la sua discesa verso la Terra. Riponendo tutta la sua fiducia nei compagni, Hasegawa prende un'improvvisa quanto azzardata decisione. Mentre la fine del pianeta si avvicina inesorabile, davanti agli occhi dei Tuttofare si verifica uno sconcertante fenomeno riguardante Utsuro...