Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che, con un gruppo di amici, cerca di tirare avanti senza rinnegare i principi del vero samurai!
Pur avendo il comune obiettivo di salvare il loro amato maestro Shoyo, Gintoki, Takasugi e Katsura prendono delle strade diverse. Poco dopo il terminal di Edo salta in aria e si diffonde la notizia dell'assassinio del premier Katsura. Sarà opera dei superstiti del clan di Tendoshu, oppure...?!